© 
Polttoaineen puhdistus perustuu separaattoreihin. Separaattorien tarkoitus on erotella vesi, hiekka, ja muut epäpuhtaudet pois polttoaineesta. Myös voiteluaineet separoidaan epäpuhtauksista.
Ilman separointia moottoreiden ja ruiskutuslaitteistojen elinikä olisi paljon lyhyempi, ja voiteluaineet jouduttaisiin vaihtamaan usein.
Separaattorin kyljestä löytyy sähkömoottori (5-12 Kw), joka pyörittää separaattorin akselia. Akselista löytyy kuula, jonka sisällä on levypakka, joka erottelee keskipakovoimalla lähes kaikki sedimentit pois. Raskaimmat hiukkaset putoavat kuulan pohjalle, ja kevyemmät jäävät levypakan sisälle. Kevyet hiukkaset ovat puhdasta polttoöljyä.
Polttoaineena käytettävä dieselöljy ei välttämättä tarvitse separointia, riippuen sen laadusta.
Akselin pyörimisnopeus on separaattorin koosta riippuen 4000 … 10000 rpm.
Pääkoneilla on poikkeuksetta myös jatkuva separointi. Apukoneilla separointi voi olla jaksoittaista. Separointi tapahtuu kuten polttoaineessakin, mutta öljy imetään ja palautetaan samaan tankkiin. Tankki on joko moottorin oma öljypohja eli sumppu tai erillinen kiertoöljytankki kaksoispohjassa.